西元1700年(距今300多年前),先民為求平安與心靈寄託,至大陸湄洲恭請媽祖聖尊至蕃薯寮(旗山舊稱),供奉於旗山福德祠旁。地方人士參拜聖蹟靈驗,於清嘉慶二十二年(1817年)由地方官員、仕紳與商家等共同出資於現址開始興建廟宇,清道光四年(1824 年)落成,距今近200年歷史。
『旗山天后宮』是本地的主廟,旗山人稱為『媽祖廟』,是本地開莊的市集、信仰、精神等活動中心,亦是凝聚社區意識與聚落發展的樞紐。研究台灣各聚落之文史工作,常以各地之主廟探考,以了解其形成與發展,目前列為高雄市定古蹟。
本宮坐西朝東,前有廣場,昔日是晨巿集,午後老人聚聊,孩童嬉戲,廟會演戲娛樂場所。
廟宇雖經歷多次重修,但一直保留福佬廟屋傳統風貌。廟身為磚木構造,二進式傳統閩南廟宇,分為三川殿與正殿,以廊相接, 正殿樑柱構架為疊斗式,廟兩旁為後廳與廟室,中軸空間配置自前而後為廟埕、三川殿、天井、正殿。它的木造結構、斗拱、裝飾及石材雕刻,皆來自中國,廟內石雕,樸實簡雅,其石材、雕飾物雅緻絢爛緊密,其木材亦是唐山福杉。
西元1817年「奉憲」 碑鑲於左外牆(奉憲嚴禁羅漢腳惡習碑記), 碑文記述當時聚落消滅流棍事蹟,廟內壁亦有聚資重修碑兩座(興建天后宮碑誌、重修天后宮碑記),皆是研究旗山發展史的珍貴資料。正殿上方,懸有道光二年 ( 西元1822年)『坤德配天』扁額一方。
旗山天后宮主祀『媽祖』(實有五媽) ,左祀『境主公』、『大成至聖先師』、『五文昌帝君』、『倉頡制字先師』『月老星君』,右祀『註生娘娘』、『五大先師』、『田都元帥』、『金虎將軍』。有千里眼、順風耳二護法將軍,座下有山神座騎-『虎爺』。每年農曆三月廿三日媽祖誕辰,都舉行廟會祭典,每四年擴大舉辦平安遶境活動。凡本地其他宮廟有舉行慶祝活動,皆當先請媽祖,以示敬重。
旗山天后宮主祀『媽祖』(實有五媽),鎮殿媽、湄洲媽、大媽、二媽及三媽。
旗山天后宮左祀神明 境主公及福德正神。
旗山天后宮右祀神明 註生娘娘。